南澳岛有悠久的人文历史，8000多年前的新石器时代初期，就有人类在岛活动。3500多年前已有人类在岛上定居。全县已发现和修复的古迹50多处，寺庙30多座，与海岛自然风光构成了一幅秀丽的立体画卷。2004年被国家旅游局评为“国家4A级旅游区”，2005年被国家地理杂志评为“广东省最美丽的岛屿”。
　　南澳历来是海防重镇，兵家必争之地。公元1575年（明历三年），诏设“协守漳潮等处驻南澳付总兵”，公元1685年（康熙二十四年）升设南澳总兵，管辖闽南、台湾、粤东海域军事。清雍正十年置南澳厅，驻海防同知，以深澳来属，有南澳山，在海中，县名由此。1912年设县。清以前行政区域分属福建省沼安县和广东省饶平县，1915年全岛划归广东省管辖，1950年南澳解放，成立南澳县人民政府，属潮汕专区，1983年汕头地市合并以后，直属汕头市管辖。 
　　2000年，南澳县辖4个镇。总人口70352人，各镇人口： 后宅镇 41713 云澳镇 16959 深澳镇 8582 隆东镇 3098 （根据第五次人口普查数据；单位：人）
　　2002年，南澳县辖4个镇（后宅 深澳 云澳 隆东），41个村委会、5个居委会。
　　2003年，南澳县辖3个镇、共有5个居委会、41个村委会。总户数21623户、总人口72752人：后宅镇 12933户、42312人；云澳镇 5152户、17642人；深澳镇 1870户、6603人；隆东镇 910户、3582人；青澳管委会 758户、2613人。
　　2004年，隆东镇并入后宅镇。
截至2005年12月31日，南澳县辖3个镇（后宅、深澳、云澳）。