南澳属南亚热带海洋性气候，北回归线贯穿南澳主岛，常年气候温和，冬暖夏凉，无霜冻，光照充足。年平均气温21.5℃，年平均日照2325.3小时，年均降雨量1348.4毫米。
南澳有丰富的自然资源。一是港湾资源。南澳岛岸线曲折，长达77公里，为广东沿海各地之冠，大小港湾66处，其中的烟墩湾，长山尾、竹栖肚、后江湾等七处，可辟建万吨级泊位码头。二是旅游资源。南澳有保存完好的海岛自然景色，蕴藏着丰富的旅游资源，具有“海、史、山、庙”立体交叉的特征，全岛可供开发旅游的沙滩面积达200多万平方米，拥有青澳湾省级旅游度假区、乌屿省级候岛自然保护区、黄花山国家森林公园、亚洲海岛第一大风电场等一大批景区景点，岛上已发现的文物古迹50多处，寺庙30处，所有这些构成南澳多姿多彩的旅游景观，是建设旅游岛的理想之地。三是水产资源。南澳岛可供开发的渔场5万平方公里，周围近海渔场和台湾浅滩渔场的各种鱼、虾、贝、藻类有1300多个品种，名贵海产品有鱿鱼、龙虾、石斑鱼、海胆、紫菜等，其中尤以宅鱿、澎菜驰名国内外。沿岛水深10米以内的海域，水质好，浮游生物种群多，避风条件佳，是发展海水养殖的良好基地。四是风力资源。南澳年平均风速达倒8.54米/秒，有效风速时数达7000多小时。据专家测算，岛上风力发电总装机容量可达20万千瓦。