总兵府是明清时代的称呼，是南澳总兵的衙署，位于深澳镇大衙口。最初建于明朝万历四年（公元1576年），是当时的南澳副总兵晏继芳建造。万历九年，副总兵侯继高增建总兵府的后楼，成为一个完整的总兵衙署。以后历经多次重修和修缮。现在的建筑是1983年重新修建的。门前一对青麻石雕刻的石狮就是明代的遗物。由于南澳岛地处东南沿海，介于粤东与闽南之间的军事要冲，封建统治者怕这里拥兵自重，所以一个小小海岛划成两半，由广东和福建各管一半，中间由雄镇关做为分界线。明清时海禁很严。朝廷限制愈厉害，民间走私活动愈猖獗。加上有外寇的侵扰，内有海盗盘踞，朝廷派驻的士兵越来越多，南澳的规格也逐步升级，最后成为闽粤台的重要军事基地。自明万历三年（1575年）开始设南澳副总兵到清王朝终结的1911年的336年间，两朝到南澳上任的总兵、副总兵共有170余任，他们都为国家海防的建设作出过贡献。现在，衙署已辟为博物馆，保存有许多重要的海防资料。总兵府前有两颗大榕树，已有410年的树龄，其中一颗树围达14米，枝叶繁茂，生机旺盛。据说明朝末期郑成功曾在树下讲演，并招兵收复台湾。所以这颗树后人称为“招兵树”。1997年树下又增置郑成功花岗石雕像一座，以为纪念。总兵府内的《南澳镇总兵史料陈列》，把南澳设镇前形势和设镇后总兵相继莅任与他们的主要业绩、海防要事、历史遗存以及相关的史料有条不紊地向人们展示，使人们对总兵史的认识有了一个基本轮廓。展厅里有一件“南澳镇城廓暨总兵府署金漆贝雕屏风图照”，让我们看到了三百多年前南澳城及南澳总兵府署的环境风貌，十分难得。原件作于清康熙年三十八年（1699年），高三米，宽6米，由十二幅小屏风组合而成。府前照壁上镶嵌的石雕“闽粤交界碑”，展示了南澳这地方历史上“两省管、管两省”的特殊地位。认真参观，耐人寻味。总兵府前陈列有八千斤和六千斤土炮各一尊。据炮上铭文，是清代道光二十年（1840年）铸造。这两尊炮原分别架设于深澳草寮尾和深澳东门外，1984年移放于此。总兵府右侧院墙上镶嵌着23块历代保存下来的南澳古碑，其中一块是中国最早的港务约法，一块税务碑，还有多块诗词题刻，均具有重要的历史文物价值。